學校擁有崇明醫院、周浦醫院、嘉定區中心醫院、上海市第六人民醫院臨港院區4所直屬附屬醫院👨🏽‍🏫，奉賢區中心醫院🏊🏿‍♂️、上海市第六人民醫院金山分院、楊浦區精神衛生中心（籌）等8家附屬醫院；組建了覆蓋上海市9個區的“EON4娱乐社區衛生服務中心健康聯盟”，成員單位40家🕊🦸🏻‍♂️；與瑞金醫院、中山醫院😩、新華醫院、仁濟醫院等多所三甲醫院開展合作訂單班，並與數百家高水平醫療服務機構、醫療器械企業和檢測單位保持全方位緊密合作關系🤱🏼。

臨床醫學專業臨床教學工作，主要由一批以三級醫院為主體的臨床教學基地承擔,有內科學🏄🏽、外科學、婦產科學、兒科學、全科醫學科🙅🏿‍♂️、急救學科等十余個住院醫師規範化培訓基地🚗。臨床醫學專業（本科）臨床教學工作主要由上海市第六人民醫院臨港院區🧊、附屬周浦醫院😮、附屬嘉定區中心醫院🪝、附屬第六人民醫院南院👼🏿🚼、附屬喀什第二人民醫院（新疆喀什訂單班）承擔，臨床醫學專業（專科）臨床教學工作主要由附屬崇明醫院🥗、上海市第六人民醫院金山分院、上海市寶山區吳淞中心醫院承擔👨‍🦼‍➡️。依托上海市綜合性三甲醫院學科優勢，與中山醫院、新華醫院、仁濟醫院等聯合開展“健康-中山全科班”“上健醫-新華班”“健康-仁濟班”🙆🏿，構建“5+3”一體化的臨床醫學專業人才培養體系，學生有機會在上海市頂級醫院進行臨床學習📠。

臨床醫學專業還具有先進的實驗和實踐教學訓練條件，如基礎醫學互動學習與實訓中心、健康互動實踐中心、動物外科實訓室和臨床技能實訓中心，並配備高端模擬人等先進實訓設備，能夠充分滿足醫學理論學習、臨床技能訓練和國家執業考試要求🚗。